Tras un paréntesis de dos años volvió a la directiva del club caspolino en el curso 87/88 como vocal de Agapito Fortuño Font, pero su gran implicación hizo que en las dos siguientes campañas (88/89 y 89/90) recayera en él la vicepresidencia, con la encomienda de armar el equipo.
Culminado el mandato de Agapito Fortuño pasó a la presidencia en las dos siguientes temporadas (90/91 y 91/92) con César Ascaso y el caspolino Agustín Cirac en el banquillo.
En las tres etapas que formó parte de las juntas directivas, José Hernández fue un hombre, sobre todo, del Club Deportivo Caspe.
Bajo su gestión siempre estuvo presente la idea de cuadrar las cuentas como primera condición y a partir de ahí, conseguir la mejor plantilla acorde con la disponibilidad que emanaba de ese presupuesto.
Tanto en su etapa de vicepresidente como de presidente, el CD.Caspe jugó en Tercera División, logrando en la 89/90 la mejor posición final que ha sumado el equipo hasta la fecha.